Фамилия Аенае — редкий случай, когда написание полностью подчинилось латинской транслитерации, а русская форма оказалась утрачена или не закрепилась. В основе лежит имя Аена (Ена, Яна), которое в качестве крестильного имени в православных святцах отсутствует, но широко бытовало в народной среде как сокращение от Иоанна (Иван) или как самостоятельное женское имя. Суффикс -е в окончании — не русская морфема, а скорее всего фиксация окончания родительного падежа единственного числа в латинской записи (Aenae — «из рода Аены»). То есть фамилия застыла не в исконной русской форме, а в той, в какой её записал иностранец или чиновник, владевший латынью.

По происхождению это типичная «матронимическая» фамилия — образованная не от имени отца, а от имени матери. В русской традиции такие фамилии встречаются реже, чем отчества, но они существовали, особенно если мать была вдовой или главой семьи. Аена — уменьшительное от Анна или Евдокия, но в некоторых говорах так называли и просто «старшую женщину», «мать». Возможна и другая версия: фамилия могла возникнуть у жителей Прибалтики или Финляндии, где имя Aina (Айна) — самостоятельное, а русское окончание -е — результат русификации. В таком случае Аенае — это «из рода Айны».

Географически фамилия почти не встречается в современных базах данных. Единичные носители зафиксированы на северо-западе России, в Псковской и Ленинградской областях, а также среди староверов Латвии. Сословная принадлежность неясна — скорее всего, крестьянская или мещанская среда, где латинская запись фамилии могла появиться в метрических книгах лютеранских или католических приходов. Однокоренные фамилии — Аенов, Аенин, Енин — встречаются чаще и образованы по стандартной модели (-ов, -ин), тогда как Аенае сохранила архаичную форму, редкую для русской ономастики.