Фамилия Аенае — редкий случай, когда написание полностью подчинилось латинской транслитерации, а русская форма оказалась утрачена или не закрепилась. Взгляните на окончание -е: это не русская морфема, а скорее всего фиксация окончания родительного падежа единственного числа в латинской записи (Aenae — «из рода Аены»). То есть фамилия застыла не в исконной русской форме, а в той, в какой её записал иностранец или чиновник, владевший латынью. Такая модель образования — большая редкость для русской ономастики, где типичны суффиксы -ов, -ин или -ский.

В основе фамилии лежит имя Аена (также Ена, Яна). В православных святцах оно отсутствует, но широко бытовало в народной среде как сокращение от Иоанна (Иван) или как самостоятельное женское имя. По происхождению это типичная «матронимическая» фамилия — образованная не от имени отца, а от имени матери. В русской традиции такие фамилии встречаются реже, чем отчества, но они существовали, особенно если мать была вдовой или главой семьи. Аена могла быть уменьшительным от Анна или Евдокия, а в некоторых говорах так называли и просто «старшую женщину», «мать».

Есть и альтернативная версия, связанная с географией. Фамилия могла возникнуть у жителей Прибалтики или Финляндии, где имя Aina (Айна) — самостоятельное, а русское окончание -е — результат русификации. В таком случае Аенае означает «из рода Айны». Эта гипотеза подкрепляется тем, что единичные носители фамилии зафиксированы на северо-западе России, в Псковской и Ленинградской областях, а также среди староверов Латвии. Латинская запись фамилии могла появиться в метрических книгах лютеранских или католических приходов — сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская.

Однокоренные фамилии — Аенов, Аенин, Енин — встречаются чаще и образованы по стандартной модели (-ов, -ин). Аенае же сохранила архаичную форму, редкую для русской ономастики: фамилия не адаптировалась под привычные суффиксы, а осталась в виде латинской записи, что делает её уникальным примером в истории русских фамилий.