Фамилия Аерае — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с тем, как её слышат. Это фамилия не русского, а, скорее всего, греческого происхождения, и её разбор требует отказа от привычной славянской модели «основа + суффикс -ов/-ин».

В греческом языке фамилии часто образовывались от названий местности с помощью окончания -идис, -пулос или -акис. Форма Аерае (Aerae) — это, по всей вероятности, русифицированная запись фамилии, которая в оригинале звучит как Аэра́и (Αεραή) или Аэра́с (Αεράς). Корень здесь — «аэр» (αέρας), что по-гречески значит «воздух», «ветер». Следовательно, прозвище могло относиться к человеку порывистому, лёгкому на подъём или, наоборот, к тому, кто жил на открытом, продуваемом ветром месте. Встречается и более прозаичная версия: так могли называть мельника, работавшего на ветряной мельнице.

География фамилии узкая. В России и странах бывшего СССР Аерае практически не встречается — это не типичная для наших широт модель. Носители сосредоточены в Греции, а также в греческих диаспорах (США, Австралия, Германия). Попадание в русский контекст — почти наверняка результат эмиграции понтийских греков в конце XIX — начале XX века, когда фамилии записывались на слух, без учёта греческой грамматики. Окончание -ае в русской записи — это калька с греческого родительного падежа (-αή), который в паспортах и документах закрепился как именительный.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком. В ней нет славянского суффикса принадлежности, который бы указывал на отца («чей сын?»). Это чистая основа, застывшая в форме, которую дал писарь. Поэтому искать в ней «корень Аер» и русское окончание — ошибка. Правильнее воспринимать Аерае как цельный, нечленимый на русском языке оним, который перешёл из греческого без изменений.

Единственная деталь, которая может запутать: в некоторых источниках фамилию путают с итальянской Airaghi или арабской Aera. Но это разные корни и разные истории. Для носителя фамилии Аерае наиболее вероятный путь предков — из греческих сёл Малой Азии (Понт, Каппадокия) или с островов Эгейского моря, откуда они переселились в Приазовье или на Кавказ.