Фамилия Афатницкий ставит перед исследователем сразу несколько загадок. Её основа неочевидна, но суффикс -цк(ий) сразу указывает на определённое происхождение. В восточнославянской традиции этот суффикс чаще всего маркирует географическое происхождение: так образовывались «княжеские» фамилии от названий имений, а в XIX веке — и фамилии духовенства, особенно в юго-западных губерниях (на территории современных Украины и Беларуси), а также крестьян и мещан, записанных по селу, откуда они вышли.

Корень Афатн- — самый сложный элемент. Первая и наиболее правдоподобная версия: это искажённая или диалектная форма топонима. Вспомните село Опатов (польск. Opatów) или Апатов — такие названия нередки в Польше, Чехии и на Западной Украине. Слово «опат» (от лат. abbas) означает «аббат», настоятель монастыря. Тогда Афатницкий — выходец из села, принадлежавшего аббату или названного в его честь. Со временем начальное «о» могло перейти в «а» под влиянием аканья, а «п» озвончиться в «ф» в произношении. Так Опатов превратился в Афат, а житель стал Афатницким.

Вторая версия — связь с личным именем Афанасий. В народной речи его сокращали до Афоня, Афонат, а в некоторых говорах — до Афат. Однако суффикс -ницк- для фамилий от личных имён нетипичен: обычно от имени образовывали фамилии через -ов или -ин (Афатов, Афанасьев). Поэтому версия с топонимом выглядит предпочтительнее.

Географически фамилия редкая. Её носители с наибольшей вероятностью происходят из западных регионов исторической России — из Беларуси, западных областей Украины или Смоленщины, где были сильны польские и украинские диалектные влияния. Встречаемость фамилии в современной России крайне низкая, что подтверждает её локальное, «гнездовое» происхождение.

Таким образом, Афатницкий — это, скорее всего, «человек из Афата» (или Опатова). Фамилия не дворянская, а народная, возникшая в среде крестьян или духовенства, чьи предки получили прозвание по месту жительства. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что делает её типичным примером редкой географической фамилии, сохранившей в своей основе забытое название поселения.