Фамилия Афиьина — редкий и неочевидный случай, который сразу заставляет задуматься о её происхождении. В глаза бросается написание: окончание «-ина» — классический русский суффикс, указывающий на принадлежность к роду (чьих? — Афиьиных). Основа же — «Афиь» — не встречается в известных словарях личных имён или прозвищ. Это наводит на мысль, что перед нами либо искажённая запись, либо фамилия, возникшая из диалектного слова.

Наиболее правдоподобная версия: фамилию образовали от имени или прозвища Афий. В русской ономастике известны формы вроде Афий, Афия, которые могли быть народными вариантами церковного имени Афанасий (от греч. «бессмертный»). В некоторых говорах, особенно на севере и в Поволжье, звук «ф» иногда заменял «хв» или «п», а «ь» мог появляться как смягчение. Получается, что Афий — это сокращённая и адаптированная форма от Афанасий, а Афиьина — «дочь (или жена) Афия». Подобные переходы (Афанасий → Афоня → Афий) не редкость для крестьянской среды, где имена упрощались на слух. Такое словообразование — отчество от имени, записанное с характерным для XIX века мягким знаком, — выглядит логичнее всего.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: фамилия могла произойти от прозвища, связанного с диалектным словом. Например, в некоторых областях «афить» означало «говорить вздор, болтать» или «афиться» — «лениться, бездельничать». Если такое прозвище закрепилось за человеком, то его дети получали фамилию Афиьины. Однако эта гипотеза слабая, так как подобные корни не зафиксированы в авторитетных словарях русских говоров (например, у Даля или в диалектологических атласах), поэтому опираться на неё рискованно.

Географически фамилия почти не встречается в современных базах данных. Это указывает на её локальный характер: скорее всего, она бытовала в одной-двух деревнях и могла исчезнуть из-за малочисленности рода или смены написания (например, на Афин или Афийкин). По сословной принадлежности — почти наверняка крестьянская, так как дворянские и купеческие фамилии редко имеют столь «простую» и трудно объяснимую основу. Точную этимологию может дать только архивный поиск в метрических книгах тех мест, где фамилия была распространена.