Фамилия Афингендин — редкая, и её звучание сразу выдаёт нерусское происхождение. В ней нет привычного корня от крестильного имени, зато есть сложная тюркская основа с арабским религиозным вкраплением.

Разберём состав. Корень «афин» или «афын» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) означает «польза», «выгода», «прибыль». Параллельно существует форма «афенде» — почтительное обращение к старшему или господину, восходящее к греческому «афендис». Второй компонент «-дин» — характерный тюркский элемент, заимствованный из арабского: «дин» переводится как «вера», «религия». Сложив части, получаем имя со значением «польза веры» или «выгодная вера». Такие сложносоставные имена с религиозным смыслом были типичны для мусульманской среды.

Сама фамилия — русифицированная форма этого тюркского имени. Когда предки носителя попали в русскоязычную среду (чаще всего в Поволжье, Приуралье или Сибири среди татар, башкир или казахов, перешедших в православие или интегрированных в российское общество), их имя оформили по русской модели: к основе прибавили суффикс принадлежности «-ин». В русском языке этот суффикс образует притяжательные прилагательные (чей? — Афингендин, то есть сын Афингендина).

Важно, что фамилия закрепилась именно в форме на «-ин», а не на «-ов» (нет варианта Афингендинов). Это указывает на то, что её не стали переделывать под стандартную модель, а оставили как притяжательное прилагательное от отцовского имени. Такой способ типичен для фамилий нерусского происхождения, которые фиксировались в документах без лишней перестройки.

Географически фамилия почти не встречается за пределами России и постсоветского пространства. Скорее всего, её носители — потомки служилых татар, башкир или крещёных инородцев, которые в XVIII–XIX веках получали фамилии по отцу. В метрических книгах и ревизских сказках фамилия могла записываться по-разному: Афингендин, Афингендинов, Афиндин. Встретить её можно преимущественно в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области или у потомков переселенцев из этих регионов.