Фамилия Афингендина предположительно представляет собой вариант греческой фамилии Афингенди, адаптированной русскими. Сама фамилия Афингенди, вероятно, образована от прозвища Афенос, что в переводе с греческого означает «богатство, изобилие, достаток». Возможно, такое прозвище указывает на социальный статус предка. Греческий суффикс -енд, вероятно, имеет значение множественности. Таким образом, фамилия Афингенди, возможно, означает «из рода богачей». Согласно другой версии, фамилия Афингендина образована от имени Афингендя — искаженной просторечной формы имени Афиноген, которое в переводе с греческого означает «рожденный Афиной», «потомок Афины». Афина в греческой мифологии была богиней войны, мудрости, искусств и ремёсел. В этом случае основатель рода Афингендиных, скорее всего, был человеком из простого сословия.