Фамилия Афлитулин — редкая и, на первый взгляд, неочевидная по происхождению. Чтобы понять её корни, нужно смотреть не на созвучие с современными словами, а на историю народов Поволжья и Приуралья. В основе фамилии лежит тюркское мужское имя Афлитун (варианты — Афлетун, Афлятун). Оно восходит к арабскому Афлятун — транслитерации имени древнегреческого философа Платона. В мусульманской культуре это имя получило распространение благодаря восточной философии и литературе: Платон почитался как великий мудрец, и имя считалось престижным, его давали в надежде на ум и знания ребёнка.

Модель образования фамилии — типичная для русского языка, но адаптированная к иноязычной основе. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Афлитулин, то есть сын, потомок Афлитуна. Исходное имя Афлитун дало основу Афлитул- с выпадением конечного «н» перед суффиксом — процесс, знакомый по парам «Михаил — Михайлов» или «Иван — Иванов». Географически фамилия почти наверняка привязана к зоне расселения татар и башкир, а также к смешанным русско-тюркским регионам: Оренбуржью, Башкортостану, Татарстану, Челябинской области. В этих местах арабские и персидские имена, пришедшие вместе с исламом, веками бытовали в народе, а после всеобщей паспортизации XVIII–XIX веков превратились в фамилии с русским суффиксом.

В русской ономастике фамилия Афлитулин стоит в одном ряду с более известными «философскими» фамилиями — Аристотелев, Сократов. Но если последние часто давались в семинарской среде искусственно, от имён античных мыслителей, то Афлитулин — случай народный, живой. Имя пришло не из учебника, а из бытовой традиции называть детей в честь почитаемых мудрецов Востока. Таким образом, предок носителя фамилии — человек по имени Афлитун. Вероятнее всего, это был татарин или башкир, живший в сельской местности, и в его имени отразилось уважение к знанию, а не прямое указание на род занятий.