Фамилия Афонюшкина образована от имени, которое обещало вечную жизнь. Её основа — народная, ласковая форма древнего греческого имени Афанасий, которое переводится как «бессмертие». В русском быту полное церковное имя превратилось в Афоню, а затем и в Афонюшку — так называли ребёнка, а позже и взрослого человека в кругу семьи или в деревенской общине.

Фамилия построена по самой распространённой в России модели: к основе «Афонюшк» добавили суффикс принадлежности -ин. Вопрос «чей?» — Афонюшкин — означал «сын Афонюшки» или «внук Афонюшки». Суффикс -ин, в отличие от -ов, типичен для основ, оканчивающихся на -а или -я, поэтому форма «Афонюшкин» закономерна. Женский вариант Афонюшкина — это грамматическая форма, указывающая на жену или дочь носителя фамилии.

Форма имени «Афонюшка» выдаёт простую среду бытования. В дворянской и купеческой среде чаще использовали полные, книжные варианты имени (Афанасий), а уменьшительные суффиксы с -шк- (Афонюшка, Ванечка, Петрушка) закрепились в крестьянском и мещанском обиходе. Поэтому предок Афонюшкиных, скорее всего, был человеком из податного сословия — крестьянином или ремесленником, которого в документах записали по отчеству или по уличному прозвищу.

Интересная деталь: фамилия Афонюшкин (и её женская форма) встречается реже, чем однокоренные Афонин, Афанасьев или Фонин. Это говорит о том, что она возникла в относительно узком локальном кругу — возможно, в одной волости или даже в одном селе, где форма «Афонюшка» была особенно употребительна. Географически такие фамилии чаще всего привязаны к северным и центральным губерниям России, где уменьшительные имена на -юшка были особенно живучи.

Таким образом, фамилия Афонюшкина донесла до нас не только греческое значение «бессмертие», но и живую народную речь — ту самую, в которой строгое Афанасий превращалось в домашнее, тёплое Афонюшка.