Фамилия Афонюшкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Афонюшкин послужило церковное имя Афанасий. Мужское имя Афанасий в переводе с греческого на русский язык означает «бессмертие». В основе фамилии лежит производная форма этого имени — Афонюшка. О точном месте и времени возникновения фамилии Афонюшкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Афонюшкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.