Фамилия Афонин — одна из тех, что образовались от народной формы церковного имени. В её основе лежит имя Афоня, которое на Руси было обиходным сокращением от полного крестильного имени Афанасий. Само имя Афанасий пришло из греческого языка, где «атанасиа» означает «бессмертие». Это имя вошло в православный календарь благодаря святому Афанасию, который служил смотрителем темниц, но за защиту православной веры был сам заключён в тюрьму и казнён.

Модель образования фамилии проста и типична для русской ономастики: суффикс -ин присоединялся к основе, оканчивающейся на -а или -я. Так, от имени Афоня (с основой Афон-) по схеме «чей?» — «Афонин» получилось значение «сын Афони» или «потомок Афони». Такая же модель работает в фамилиях Мишин, Петин, Сашин.

Стоит отметить, что фамилия Афонин — не единственная в этом гнезде. В народе имя Афанасий давало множество вариантов: Афоня, Афонька, Фоня, Фофан. Отсюда же возникли фамилии Афонин, Афонькин, Афонский, Фонин и даже Фофанов. Все они указывают на одного и того же предка — человека по имени Афанасий, которого в быту звали уменьшительно.

Определить точное место и время появления фамилии Афонин сейчас сложно: процесс закрепления фамилий в разных слоях населения шёл с XV по XIX век, и такие «патронимические» фамилии на -ин возникали в разных регионах независимо. Однако по распространённости фамилия Афонин чаще встречается в центральных и северных областях России, где была сильна традиция именовать людей по отцу с суффиксом -ин.

Таким образом, фамилия Афонин — это не просто указание на родство, а живой след древнего имени с глубоким смыслом «бессмертие», прошедший через века в народной речи.