Фамилия Афонин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Афонин послужило церковное имя Афанасий. Фамилия Афонин образована от имени Афоня, которое является формой крестильного мужского имени Афанасий. Имя Афанасий образовано от греческого Атанасиа, что в переводе на русский язык означает «бессмертие». Оно вошло в православный именник в память о преподобном мученике Афанасии, который был смотрителем темниц, но защищал православие, за что был сам посажен в тюрьму, а позднее убит. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Афоня, со временем получил фамилию Афонин. О точном месте и времени возникновения фамилии Афонин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Афонин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.