Фамилия Афонинко — редкий случай, когда на слух она звучит как украинская (на -енко), но на письме закрепилась с суффиксом -инк-. Это не опечатка и не вариант «Афоненко». Разберём её словообразовательную модель: она двойная. Основа Афон (от канонического имени Афанасий) плюс суффикс -ин- (указывающий на принадлежность: «чей?» — Афонин) и уменьшительный суффикс -ко, типичный для украинских и белорусских фамилий. Буквально Афонинко значит «маленький Афонин» или «потомок Афони». Именно суффикс -ин- здесь ключевой: он сохраняет притяжательное значение, что делает эту форму более архаичной по сравнению с распространённым вариантом Афоненко.

Исходное имя Афанасий (в просторечии Афоня) греческого происхождения, означает «бессмертный». В русской и украинской среде это имя было очень популярно среди крестьян и духовенства, поэтому фамилии Афонин, Афонасьев, Афоничев встречаются повсеместно. Но форма Афонинко — штучная. Она указывает на западнорусское или украинское происхождение рода, скорее всего из Черниговской, Полтавской или Харьковской губерний, где уменьшительные фамилии на -ко были нормой. В малороссийских землях такие фамилии часто фиксировались в реестрах Войска Запорожского и закреплялись не по отцу, а по деду или по прозвищу. По сословной принадлежности предки Афонинко — вероятнее всего, казаки или крестьяне. Если ваш предок носил фамилию Афонинко, это почти наверняка указывает на его происхождение из Левобережной Украины, где в XVIII–XIX веках подобные фамилии массово закреплялись за казачьими родами.