Фамилия Афоненко восходит к крестильному имени Афанасий (от греческого Атанасиа , что в переводе на русский язык означает «бессмертие»), которое ранее было широко распространено среди простых людей. Основой же для фамилии послужила его просторечная форма - Афоня. Поэтому Афоненко буквально понималось как «сын Афони».