Фамилия Афоненко образована от просторечной формы крестильного имени Афанасий. Само имя пришло из греческого языка: «атанасиа» означает «бессмертие», и в прошлом оно было очень распространено среди простых людей — настолько, что народные варианты вроде Афоня, Афонка, Афонька вытеснили полную форму в быту. Именно от такой обиходной формы — Афоня — и пошла фамилия. Суффикс -енко, типичный для украинской и южнорусской ономастики, указывает на прямое родство: Афоненко — это буквально «сын Афони». Такая модель (личное имя + -енко) в XVI–XVII веках активно формировала фамилии в среде казачества и крестьянства на землях современной Украины и прилегающих областей России. В отличие от более северных фамилий с суффиксами -ов/-ев, которые часто закрепляли за крестьянами помещики, южные -енко-фамилии нередко возникали сами собой — как уличное прозвище по отцу. Таким образом, предок носителя фамилии Афоненко почти наверняка был человеком незнатного сословия, а его имя Афоня в документах могло соседствовать с отчеством, которое со временем и застыло в фамилии. Встречаются и родственные варианты написания — Афонин, Афонькин, Афанасьев, — но Афоненко выделяется именно своим «сыновним» суффиксом, который вплоть до XIX века сохранял живое значение принадлежности к отцу.