Фамилия Афонинский — относительно редкая, но прозрачная по происхождению. Её основа — имя Афоня, которое в русской традиции является народной, обиходной формой крестильного имени Афанасий. Имя Афанасий (от греческого «афанатос» — «бессмертный») было широко распространено на Руси, поэтому и его краткие формы дали жизнь множеству фамилий: Афонин, Афанасьев, Афонькин, Афонский.

Ключевая особенность — суффикс -ский. В отличие от «патронимических» суффиксов -ов, -ев, -ин, которые прямо указывают на отца («чей?» → «сын Афони»), суффикс -ский в массе своей принадлежал дворянству и духовенству. У крестьян и горожан фамилии на -ский встречались реже и часто указывали на географическое название (село, усадьбу) или на принадлежность к церковному приходу.

Таким образом, носитель фамилии Афонинский мог происходить из семьи священнослужителей. В семинарской практике было принято «облагораживать» простые фамилии, заменяя суффикс -ин на -ский: из Афонин делали Афонинский. Это звучало более книжно и благородно. Вторая версия, менее вероятная для такой формы, — происхождение от названия населённого пункта вроде Афонино или Афонинское. Если такой хутор или деревня существовали, то помещик или переселенец из этого места мог получить фамилию по месту жительства.

С точки зрения словообразования, фамилия прошла два этапа: сначала возникло отчество Афонин (сын Афони), а затем, при переходе в сословие духовенства или при записи в ревизские сказки, к нему добавили «дворянский» суффикс. Вариант с прямым образованием от топонима (Афонино + -ский) встречается реже, так как название «Афонинский» для села — тоже вторично от фамилии владельца.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные переходы (Афонин → Афонинский) описаны как типичные для искусственных семинарских фамилий. Прямых указаний на известных исторических носителей фамилии в открытых источниках нет, что подтверждает её локальный, не аристократический характер — скорее всего, это фамилия потомков сельского священника или дьячка из центральной России.