Фамилия Афонинский — относительно редкая, но её происхождение прослеживается достаточно ясно. В основе лежит имя Афоня, народная, обиходная форма крестильного имени Афанасий. Греческое «афанатос» означает «бессмертный», имя было широко распространено на Руси, поэтому его краткие формы дали жизнь множеству фамилий: Афонин, Афанасьев, Афонькин, Афонский.

Ключевая особенность — суффикс -ский. В отличие от «патронимических» суффиксов -ов, -ев, -ин, которые прямо указывают на отца («чей?» → «сын Афони»), суффикс -ский в массе своей принадлежал дворянству и духовенству. У крестьян и горожан фамилии на -ский встречались реже и часто указывали на географическое название (село, усадьбу) или на принадлежность к церковному приходу.

Именно здесь и кроется главная версия происхождения фамилии Афонинский. Носитель такой фамилии, скорее всего, происходил из семьи священнослужителей. В семинарской практике было принято «облагораживать» простые фамилии, заменяя суффикс -ин на -ский: из Афонин делали Афонинский. Это звучало более книжно и благородно, отдаляя будущего священника от крестьянского корня.

Словообразовательная цепочка здесь двухступенчатая: сначала возникло отчество Афонин (сын Афони), а затем, при переходе в сословие духовенства или при записи в ревизские сказки, к нему искусственно добавили «дворянский» суффикс. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные переходы (Афонин → Афонинский) описаны как типичные для искусственных семинарских фамилий.

Вторая версия, менее вероятная для такой формы, — происхождение от названия населённого пункта вроде Афонино или Афонинское. Если такой хутор или деревня существовали, то помещик или переселенец из этого места мог получить фамилию по месту жительства. Однако вариант с прямым образованием от топонима встречается реже, так как само название «Афонинский» для села — тоже вторично от фамилии владельца.

Прямых указаний на известных исторических носителей фамилии в открытых источниках нет. Это подтверждает её локальный, не аристократический характер: скорее всего, это фамилия потомков сельского священника или дьячка из центральной России.