Фамилия Афонская — редкий случай в русском ономастиконе. Её основа — не имя и не прозвище, а название Святой горы Афон, одного из главных святых мест православия, земного удела Божьей Матери.

Разберём словообразовательную модель. Суффикс -ск- указывает на происхождение от географического названия по модели «кто? откуда?». Такие фамилии обычно получали выходцы с определённой территории: Афонский — тот, кто с Афона, кто связан с Афоном. Фамилия Афонская — женская форма, но по происхождению это притяжательное прилагательное, закрепившееся за родом.

История Афона сложна и драматична, и она напрямую связана с возможным происхождением рода. Превращение полуострова в исключительно монашеское обиталище произошло после Трулльского Собора, постановившего упорядочить жизнь скитающихся «пустынников». Многие из таких скитальцев, которых было много по причине нашествия магометан, особенно в Константинополе, устремились на Афон. Расцвет монашества пришёлся на время царствования Василия Македонянина, восшедшего на престол в 867 году: он подтвердил исключительное право монахов на обитание на полуострове, дарованное ещё Константином Погонатом.

После захвата Салоник турками в 1430 году монахи Афона принесли заверения повиновения султану Мураду II. После падения Константинополя в 1453 году Афон долго пользовался прежними правами и привилегиями, но в 1556 году султан Селим II своим указом отобрал у афонских монастырей все имения. В XVII—XVIII веках Афон стал местом греческого просвещения: при Ватопеде в середине XVIII века основали Афонскую академию (Афониаду), при Лавре устроили типографию. После восстания 1821 года последовала турецкая военная оккупация и репрессии; уцелевшие монахи рассеялись по островам архипелага. Адрианопольский мирный договор между Россией и Портой в сентябре 1829 года обеспечил прекращение оккупации и возвращение монастырских имений.

Кем могли быть предки носителей фамилии Афонская? Самая прямая версия — потомки паломников, которые побывали на Афоне и получили прозвание «Афонский» по месту, откуда вернулись. Вторая версия — выходцы из монашеской среды: нередко дети духовенства или люди, долго жившие при монастырях, получали фамилии по названию обители или святого места. Третья, менее вероятная, — переселенцы из греческих земель, бежавшие от турецких репрессий после событий 1821 года.

Фамилия Афонская — не массовая, а редкая, и её география обычно привязана к южным и центральным губерниям России, где были сильны традиции паломничества и связи с православным Востоком. Однако процесс формирования фамилий был длительным, поэтому точно определить время и место происхождения конкретного рода Афонских можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.