Основой фамилии Афонин послужило мирское имя Афоня. Фамилия Афонин восходит к крестильному мужскому имени Афанасий (в переводе с греческого – «бессмертие»), точнее к его просторечной форме Афоня. Нельзя исключить также, что этимология фамилии Афонин связана с горой Афон, где находится известный монастырь. Вход женщинам туда строго воспрещен. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Афоня, со временем получил фамилию Афонин. Фамилия Афонин образована от имени Афоня, которое является формой крестильного мужского имени Афанасий. Имя Афанасий образовано от греческого Атанасиа, что в переводе на русский язык означает «бессмертие». Оно вошло в православный именник в память о преподобном мученике Афанасии, который был смотрителем темниц, но защищал православие, за что был сам посажен в тюрьму, а позднее убит. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Афоня, со временем получил фамилию Афонин.