Фамилия Афонин — одна из тех, где народное чутьё обошло книжную норму. В основе лежит не полное церковное имя, а его обиходная, «домашняя» форма. Крестильное имя Афанасий (от греческого атанатос — бессмертие) в повседневной речи на Руси звучало как Афоня, Афонька, Фоня. От этого усечённого имени и пошла фамилия: Афоня + суффикс притяжательности -ин, который отвечает на вопрос «чей?» — сын Афони.

Менее очевидная, но живучая версия связывает фамилию с горой Афон в Греции — центром православного монашества. Сторонники этой гипотезы предполагают, что прозвище Афоня мог получить человек, побывавший в паломничестве или имевший отношение к афонским монастырям. Однако у этой версии слабое место: прозвищ от названий гор в русской традиции почти не давали, а вот имя Афанасий было одним из самых распространённых. Поэтому основная версия — от имени — надёжнее.

Примечательна словообразовательная модель фамилии. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность к роду, но в отличие от фамилий на -ов (Иванов, Петров), которые чаще возникали в среде служилых людей, фамилии на -ин исторически преобладали в северных и центральных землях России. Афонины — не исключение: фамилия плотно бытует в Нижегородской, Владимирской, Костромской областях, реже встречается на юге.

В дореволюционных переписях Афонины фигурируют и как крестьяне, и как мещане, и как духовенство — сословных ограничений у этой фамилии не было. Интересно, что изредка встречается написание через «а» — Афанин, но это уже следствие местного акающего говора, а не отдельная фамилия.

В ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) Афонин идёт в ряду типичных «полуотчеств» на -ин, образованных от кратких форм канонических имён. Никакой экзотики в происхождении нет — простая и ясная история: был человек Афоня, пошли Афонины.