Фамилия Афонина образована от имени Афоня, которое является формой крестильного мужского имени Афанасий. Имя Афанасий образовано от греческого Атанасиа, что в переводе на русский язык означает «бессмертие». Оно вошло в православный именник в память о преподобном мученике Афанасии, который был смотрителем темниц, но защищал православие, за что был сам посажен в тюрьму, а позднее убит. Скорее всего, основатель рода Афониных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Афоня, со временем получил фамилию Афонина.