Фамилия Афонина образована от имени Афоня — народной, обиходной формы крестильного мужского имени Афанасий. Само имя Афанасий восходит к греческому «Атанасиа» и означает «бессмертие». В православный календарь имя попало благодаря святому Афанасию, смотрителю темниц: он защищал православие, за что был сам заключён в тюрьму и казнён.

Разберём словообразовательную модель. Фамилия построена с помощью суффикса -ин, который в русской традиции указывает на принадлежность: «чей?» — Афонин, то есть сын или потомок Афони. Это типичная «патронимическая» фамилия, каких много в крестьянской и рабочей среде. Суффикс -ин присоединяют к основам на -а/-я, поэтому здесь он закономерен: Афоня → Афонин → Афонина.

Скорее всего, основатель рода Афониных был человеком из простонародья — крестьянином или мастеровым. В среде духовенства и дворянства фамилии на -ин тоже встречаются, но для имени Афоня, которое звучит как уменьшительно-обиходное, социальный контекст скорее указывает на непривилегированное сословие.

Есть и редкий нюанс: в некоторых говорах Афоней могли прозвать не только Афанасия, но и человека с характерным «офеньским» выговором или даже странника — офеню (бродячего торговца). Связь с прозвищным именем Офеня (корень тот же) даёт альтернативную, хотя и менее вероятную, версию: предок мог торговать вразнос. Но основной, надёжный вариант — от крестильного имени Афанасий через форму Афоня.

Таким образом, потомок человека по имени Афоня со временем получил фамилию Афонина.