Фамилия Афонова чаще всего связывают с названием горы Афон — одного из главных святых мест православия, земного удела Божьей Матери. История этого топонима напрямую повлияла на происхождение фамилии, но разбираться стоит с оговорками: напрямую «от горы» фамилию давали редко, обычно через прозвище или церковное именование.

Скорее всего, основой фамилии стало прозвище Афон, которое человек мог получить за паломничество на Святую Гору, за особое благочестие или за связь с афонскими монастырями. В XVII—XVIII веках, когда Афон стал центром греческого просвещения и книгоиздательства (при Ватопеде основали Афонскую академию, при Лавре работала типография), контакты русских паломников и книжников с монахами участились. После восстания 1821 года на Афоне случилась турецкая оккупация, уцелевшие монахи рассеялись, и некоторые из них могли оказаться в России, оставив след в фамилиях.

Менее распространённая, но возможная версия — от крестильного имени Афанасий в его народной форме Афоня. Уменьшительное Афоня давало фамилию Афонов, а женская форма Афонова закрепилась за потомками. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Афонов, то есть сын или дочь Афона. В русской традиции такие фамилии с XVI века носили крестьяне и горожане, и процесс их формирования был долгим.

Точное время и место происхождения конкретного рода Афоновых можно установить только через генеалогические исследования: фамилия встречается и в центральных губерниях, и на юге России, где были сильны связи с афонскими монастырями. Важно не путать её с однокоренной фамилией Афонин — та образована от той же основы, но через другой суффикс (-ин), что типично для разных регионов.