Фамилия Афродита — редчайший случай в русской ономастике. Она не вписывается в привычные модели образования русских фамилий: в ней нет суффиксов принадлежности (-ов, -ев, -ин) или территориальных суффиксов (-ский, -ской). Перед нами, скорее всего, не фамилия в исконном смысле, а личное имя, которое по какой-то причине закрепилось в качестве родового прозвища.

Основа — имя древнегреческой богини любви и красоты Афродиты. В христианской традиции это имя было редким, но встречалось: в святцах есть мученица Афродита (III век), поэтому теоретически имя могло быть дано при крещении. Однако в крестьянской и мещанской среде дореволюционной России такое имя — почти нонсенс. Гораздо вероятнее, что фамилия — искусственная или семинарская.

В среде духовенства в XVIII–XIX веках была распространена практика давать фамилии по именам античных богов и героев (Аполлонов, Дианин, Венеров). Семинаристы, получавшие «благозвучные» фамилии при поступлении, могли стать Афродитовыми. Фамилия Афродита без суффикса — ещё более редкий вариант: возможно, она была записана в такой форме из-за ошибки писаря или как русифицированная версия греческой фамилии Αφροδίτη (Афродити).

Ещё одна версия — фамилия могла возникнуть у греков Причерноморья или у потомков греческих переселенцев. В таком случае она не переосмысливалась, а просто передавалась как есть, без адаптации к русским моделям.

Написание фамилии с окончанием -а (женский род) не должно сбивать с толку: в русском языке фамилии на -а могут быть как мужскими, так и женскими (как Сковорода, Плисецкая). В данном случае форма не склоняется как мужская фамилия на -а? Строго говоря, если фамилия Афродита — мужская, то в русском языке она должна склоняться как существительное женского рода (Афродиты, Афродите), что создаёт путаницу. Возможно, поэтому носители могли русифицировать её в Афродитов, чтобы избежать неоднозначности.

Современная фамилия Афродита встречается единично, преимущественно на юге России и в Украине. Её носители, скорее всего, потомки либо духовенства, получившего «красивое» прозвище, либо греческих семей, сохранивших имя богини как родовое.