Фамилия Афродита стоит особняком в русском ономастиконе. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ев, -ин или -ский, которые обычно превращают прозвище или имя в фамилию. Перед нами, скорее всего, не исконная фамилия, а личное имя, по какой-то причине закрепившееся за родом. Основа — имя древнегреческой богини любви и красоты. В христианской традиции оно хоть и редкое, но встречалось: в святцах есть мученица Афродита (III век), так что теоретически имя могли дать при крещении. Однако в крестьянской или мещанской среде дореволюционной России такое имя — почти нонсенс.

Гораздо вероятнее, что фамилия искусственная, семинарская. В среде духовенства XVIII–XIX веков была распространена практика давать фамилии по именам античных богов и героев — отсюда Аполлоновы, Дианины, Венеровы. Семинаристы, получавшие «благозвучные» фамилии при поступлении, могли стать Афродитовыми. Но форма без суффикса — Афродита — ещё более редкий вариант. Возможно, это результат ошибки писаря или русифицированная версия греческой фамилии Αφροδίτη (Афродити), которую записали на слух, не переделывая.

Есть и другая версия: фамилия могла возникнуть у греков Причерноморья или у потомков греческих переселенцев. В таком случае её не переосмысливали, а передавали как есть, без адаптации к русским моделям словообразования. Написание с окончанием -а не должно сбивать с толку: в русском языке фамилии на -а бывают как мужскими, так и женскими (сравните: Сковорода, Плисецкая). Но здесь возникает путаница со склонением. Если фамилия Афродита мужская, то по правилам она склоняется как существительное женского рода (Афродиты, Афродите), что создаёт неоднозначность. Возможно, поэтому некоторые носители русифицировали её в Афродитов — чтобы избежать путаницы.

Сегодня фамилия Афродита встречается единично, преимущественно на юге России и в Украине. Её носители, скорее всего, потомки либо духовенства, получившего «красивое» прозвище при поступлении в семинарию, либо греческих семей, сохранивших имя богини как родовое. В любом случае, это не рядовая фамилия, а ономастический раритет, который обошёлся без типовых суффиксов и сохранил прямую связь с античным миром.