Фамилия Афродитова — редкий случай в русском ономастиконе, где за основу взято имя древнегреческой богини любви и красоты. В отличие от распространённых фамилий, образованных от христианских имён (Иванов, Петров), эта отсылает к античному языческому пантеону. Как такое могло произойти?

Скорее всего, фамилия имеет искусственное, семинарское происхождение. В XVIII–XIX веках в духовных училищах и семинариях будущим священникам нередко давали «благозвучные» фамилии, образованные от имён античных богов, философов или географических названий. Это делали для того, чтобы выделить ученика или придать фамилии возвышенное звучание. Так появились Аполлоновы, Дианины, Венеровы и, соответственно, Афродитовы. Фамилия на -ов/-ев типична для русской модели, а суффикс -ит- здесь не несёт отчества, а является частью греческого корня (Афродита).

Вторая, менее вероятная версия — прозвище. В крестьянской среде женщину с яркой внешностью, красивую или, напротив, слишком любвеобильную, могли в шутку прозвать Афродитой. От этого прозвища и образовалась фамилия. Однако для простого народа такое имя было слишком книжным, поэтому версия с семинарской средой выглядит убедительнее.

Географически фамилия Афродитова встречается крайне редко, в основном в центральной России и на юге. В дореволюционных справочниках она не фиксируется как дворянская или купеческая — это фамилия, скорее всего, духовного сословия, впоследствии перешедшая в крестьянскую и мещанскую среду. Известных носителей с такой фамилией нет, что только подтверждает её исключительную редкость.