Фамилия Афрунин — редкий случай, когда основа неочевидна, а суффикс указывает на конкретную модель происхождения. Суффикс -ин говорит о том, что фамилия образована от имени или прозвища, оканчивающегося на -а или -я (Афруня). Это типичная патронимическая модель: «чей сын?» — Афрунин, то есть сын Афруни.

Самый вероятный источник прозвища Афруня — искажённое или диалектное произношение слова «афроня». В русских говорах так могли называть человека с тёмными, курчавыми волосами, смуглой кожей или просто того, кто выделялся внешностью, напоминавшей африканские черты. В XIX веке такое прозвище не обязательно несло негативный оттенок — скорее, было бытовой характеристикой, как Рыжий или Беляк. Менее вероятна, но возможна связь с греческим именем Афродисий или его уменьшительной формой Афроня — через южнорусские и украинские земли, где греческое влияние ощущалось сильнее. Однако для фамилии Афрунин эта версия слабее, так как исходное имя должно было бы звучать как Афруня, а не Афроня.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине. Она почти не встречается в центральных и северных областях. В дореволюционных метрических записях Афрунины изредка попадаются среди крестьян и мещан Курской, Воронежской губерний, а также в Таврической губернии. Сословно — почти исключительно крестьянская среда, реже — однодворцы. Никакой связи с дворянством или духовенством у этой фамилии нет.

Написание фамилии устойчивое: Афрунин, без вариантов через «о» в первом слоге (Офрунин не фиксируется). Встречается также форма Афрунов, но она значительно реже и, скорее всего, принадлежит к другому, параллельному гнезду. Для носителя фамилии Афрунин главный вывод: ваши предки, вероятно, жили в чернозёмной полосе России или на юге Украины, а прозвище, лёгшее в основу фамилии, было дано по внешнему признаку — тёмным волосам или смуглости.