Фамилия Афрунин — редкая и с точки зрения ономастики интересная именно своей неочевидной основой. Суффикс -ин здесь работает как точный указатель: фамилия образована от имени или прозвища, которое оканчивалось на -а или -я. В данном случае это форма Афруня. Модель патронимическая, классическая для русских фамилий: Афрунин буквально означает «сын Афруни».

Самая правдоподобная версия происхождения прозвища Афруня — диалектное или искажённое произношение слова «афроня». В русских говорах так могли назвать человека с тёмными курчавыми волосами, смуглой кожей или просто с внешностью, напоминавшей африканские черты. В XIX веке это была бытовая характеристика, без обязательного негативного оттенка — по тому же принципу, по которому человека могли прозвать Рыжим или Беляком. Версия о связи с греческим именем Афродисий (уменьшительное Афроня) выглядит слабее: для неё исходная форма должна была бы звучать именно как Афроня, а не Афруня, и такое фонетическое смещение менее характерно для этой модели.

География фамилии узкая и показательная. Афрунины почти не встречаются в центральных и северных областях России. Основной ареал — юг России и Украина. В дореволюционных метрических книгах фамилия изредка фиксируется среди крестьян и мещан Курской, Воронежской и Таврической губерний. Сословно — почти исключительно крестьянская среда, изредка однодворцы. Никакой связи с дворянством или духовенством у этой фамилии нет.

Написание устойчивое: только Афрунин, вариант через «о» в первом слоге (Офрунин) не встречается. Существует более редкая форма Афрунов, но она, скорее всего, относится к другому, параллельному роду. Для носителя фамилии главный вывод: предки, вероятно, жили в чернозёмной полосе России или на юге Украины, а прозвище, лёгшее в основу фамилии, было дано по внешнему признаку — тёмным волосам или смуглости.