Фамилия Афуксенова — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает исходную основу. Если произнести фамилию вслух, слышится «Афуксенов», и возникает ощущение, что перед нами что-то иноязычное, возможно, греческое или тюркское. На деле это чисто русская фамилия, образованная от канонического имени, но в результате народного произношения и последующей фиксации на письме она приобрела необычный вид.

В основе лежит крестильное имя Афанасий (от греческого athanatos — «бессмертный»). В русских говорах, особенно на севере и в центральных областях, это имя редуцировалось до форм вроде Афо́ня, Афо́нка, Афу́ня. От уменьшительного Афуня с помощью суффикса принадлежности -ов и появилась фамилия Афу́ненков или Афу́нсков. Но в истории письменности, при невысокой грамотности населения в XVII–XIX веках, писцы часто записывали фамилии на слух. Сочетание «нск» в быстрой речи могло звучать как «кс» — так и возникла форма Афуксенов. По той же модели, кстати, появились фамилии Афуксентьев (от Афанасий + суффикс -ев) и Афонин.

Женский вариант Афуксенова — это форма жены или дочери носителя мужской фамилии. Встречается она преимущественно на Русском Севере (Вологодская, Архангельская области) и в Поволжье, где диалектные черты сохранялись дольше. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами: фамилии на -ов с искажённой основой почти не встречаются среди дворянства, которое строже следило за написанием.

Если у вас есть документы, где фамилия записана как Афуксенов или Афуксенова, с высокой вероятностью в метрических книгах XVIII — начала XIX века предки могли значиться как Афонины, Афунины или даже Афанасьевы. Это не разные фамилии, а разные этапы одного звукового пути от имени до современной формы.