Фамилия Афус — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она имеет балтийские корни, что подтверждается её звучанием и моделями, встречающимися в Латвии и Литве. Часть подобных фамилий была заимствована в русскую среду из немецкого или через немецкий язык (как Neilands, Richters), а также из славянских языков (Jablonskis, Kazaks). Афус, вероятно, относится к той же группе прибалтийских фамилий, которые в разное время попали в обиход восточнославянского населения.

Самая прямая версия связывает фамилию с литовским нарицательным avis — «овца». В древности имя или прозвище со значением «овца» могло быть не обидным, а обережным. Давая младенцу такое имя, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это животное: спокойствие, выносливость и безобидность. Таким образом, Афус — это русифицированная форма литовского прозвища Авис или Афус, где корень «ав-» (овца) превратился в «аф-» из-за особенностей произношения или записи.

Существует и альтернативная гипотеза, менее очевидная, но имеющая право на рассмотрение. Возможно, фамилия Афус образована от аналогичного прозвища, этимологически связанного с древним прусским существительным awis — «дядя». В таком случае прозвище Афус мог получить ребенок, который потерял своих родителей и воспитывался в доме дяди. В балтийской культуре такие именования по родству тоже встречались, хотя и реже, чем прозвища по животным.

Какую из версий считать основной? Поскольку фамилия встречается крайне редко и не имеет массового распространения, склоняться стоит к первой, «овечьей». Она более логична с точки зрения языковой модели: в литовском языке слово avis — базовое, и его производные встречаются в фамилиях чаще, чем древнепрусские термины родства. Кроме того, на территории бывшей Курляндии и Жемайтии фамилии, образованные от названий животных, — обычное дело. Так что, скорее всего, предок носителя фамилии Афус жил в литовской или латышской деревне, и его прозвище просто означало «овца», которое потом закрепилось как фамилия и обрусело в написании.