Фамилия Агадюшина — редкий случай, где основа не бросается в глаза. Если отбросить типичный русский суффикс -ин (указывающий на принадлежность: «чей?» — Агадюшин, то есть сын или потомок Агадюши), остаётся корень Агадюш-. Именно он требует разбора.

Самая вероятная версия — это производное от личного имени Агадюш, которое в свою очередь является диалектной или бытовой формой от крестильного имени Агафон. В русской народной среде церковные имена часто перекраивались до неузнаваемости: Агафон превращался в Агапу, Агашку, а на юге России и в Поволжье — в Агадюшу. Суффикс -юш- в таких формах (как в Ванюша, Митюша) — ласкательный, уменьшительный. Агадюша — это «маленький Агафон» или просто ласковое прозвище в семье. Само имя Агафон греческого происхождения и означает «добрый», «благой».

Менее убедительна версия о связи с тюркскими корнями. Теоретически основа могла восходить к имени Агади (от арабского «ага» — господин) с добавлением русского суффикса -юш, но для фамилий, закрепившихся в центральной России, такая цепочка маловероятна. Фонетика «дю» вместо «ди» указывает скорее на русскую народную этимологию, чем на прямое заимствование.

По суффиксу -ин можно предположить, что предок носителя фамилии жил в среде, где фамилии образовывались от прозвищ и имён без отчества (характерно для крестьянского и мещанского сословий). Географически фамилия встречается рассеянно, но чаще фиксируется в областях, где бытовали формы на -юша — в Рязанской, Тамбовской, Нижегородской губерниях.

Таким образом, Агадюшина — это фамилия, возникшая из домашнего, ласкового прозвища. Предок, скорее всего, был простым человеком, которого в кругу семьи или соседей звали Агадюшей — то есть добрым Агафоном.