Фамилия Агаглизаде — редкий для России пример азербайджанской (или иранской) патронимической модели, которая заканчивается на формант -заде. В переводе с персидского и тюркского «заде» означает «сын», «потомок» или «рождённый». Таким образом, Агаглизаде буквально значит «сын (потомок) Агаги».

Основа фамилии — Агаги — тоже не простая. Это имя или прозвище, которое восходит к слову ага (господин, хозяин, старший) с добавлением тюркского притяжательного суффикса -ги (или -лы), то есть «принадлежащий аге» или «относящийся к господину». В некоторых диалектах «агаги» могло означать «почтенный», «уважаемый» или даже «господинчик» (ласкательно-уважительно). Получается, что исходное прозвище указывало на принадлежность к знатному или зажиточному роду, либо на почтенный возраст предка.

Модель образования на -заде характерна для фамилий, которые складывались на Кавказе и в Иране в XIX — начале XX века, часто в среде городской знати, духовенства и купечества. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, где суффикс указывает на «чей», здесь прямое указание на отцовство: «рождённый таким-то». Поэтому носитель фамилии Агаглизаде — это человек, чей предок (вероятно, отец или дед) носил имя или прозвище Агаги.

Фамилия не имеет отношения к русскому крестьянскому или дворянскому сословию — это чисто восточная ономастическая конструкция. На территории современной России она встречается в основном среди азербайджанской диаспоры или выходцев из Закавказья. Встречаются варианты написания: Агаглы-заде, Агаги-заде или слитное Агаглизаде — все они передают одно и то же значение.