Фамилия Агаханян — армянская, и её разумнее всего разбирать не по славянской модели с суффиксами -ов/-ин, а в рамках армянской ономастики. Ключевой элемент здесь — окончание -ян, которое в армянском языке выполняет ту же роль, что русское -ов: указывает на принадлежность, происхождение, буквально «из рода такого-то». В диаспоре и в русской передаче часто встречается вариант -янц, но форма -ян стала стандартной после реформы орфографии в советский период.

Основа фамилии — Агахан. Это сложное имя, составленное из двух тюркско-персидских компонентов, что типично для армян, живших в регионе с сильным влиянием соседних языков. Первая часть — ага (от тюркского «ağa» — господин, хозяин, старший). Вторая — хан (тюркский титул верховного правителя, князя). Таким образом, имя Агахан означает «господин хан» или «старший хан» — составной титул, подчеркивающий высокое положение или уважение. В армянской среде такие имена нередко давали не столько в прямом смысле «властителю», сколько как пожелание знатности или в честь уважаемого предка.

Вероятнее всего, родоначальник Агаханянов был человеком, носившим имя Агахан. Фамилия закрепилась за его потомками и указывает на их происхождение от этого конкретного лица. Социальный контекст: фамилии на -ян в Армении исторически не были строго сословными — их носили и крестьяне, и ремесленники, и князья. Однако основа «ага-хан» намекает на то, что предок мог быть из зажиточных или уважаемых слоёв, возможно, из сельских старшин или купечества, а не из низов.

Географически фамилия Агаханян распространена по всей Армении, но особенно часто встречается в областях, граничащих с Ираном и Азербайджаном — в Сюнике, Тавуше, а также в Ереване. В диаспоре носители фамилии живут в России, США, Франции и Ливане. С точки зрения словообразования, фамилия прозрачна: имя + патронимический суффикс. Никаких спорных версий здесь нет — это классическая армянская модель, где исходное имя говорит само за себя.