Фамилия Агаликов — одна из тех, где за привычным русским окончанием скрывается нерусская, скорее всего тюркская, основа. Разбирать её стоит не с корня, а с суффикса: типичный патронимический суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Агаликов). Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Агалик (или Агалык).

Само имя Агалик — это уменьшительно-ласкательная форма от тюркского «ага» (старший брат, господин, уважаемый человек). В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском, кумыкском) «ага» — компонент многих имён и обращений. Суффикс -лык/-лик в тюркских языках образует абстрактные понятия или обозначения обладателя качества. Таким образом, Агалык могло означать «старшинство», «господство» или, что вероятнее, «тот, кто обладает достоинством аги» — уважаемый, почтенный человек. Со временем это прозвище или некалендарное имя закрепилось за человеком, а его потомки стали Агаликовыми.

Фамилия эта достаточно редкая, но встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — в регионах активного контакта русского и тюркского населения. Предки носителей фамилии, скорее всего, были крещёными татарами, башкирами или представителями других тюркских народов, перешедшими в православие и получившими фамилию по отцу. Могло быть и так: русский помещик или священник, крестя татарина, давал ему фамилию по его мирскому имени — Агалик. В этом случае фамилия — свидетельство не столько профессии, сколько этнического и социального фона: предок был человеком уважаемым, «старшим» в своей среде.

Интересно, что в некоторых говорах «агалик» могло звучать и как прозвище для бойкого или властного человека, но это уже вторичное, народное переосмысление. Первичная версия — тюркское имя с уважительным значением.