Фамилия Агамалыоглы образована от арабского мужского имени Агамалы, которое является составным и восходит к двум тюркским словам: «ага», что в переводе на русский язык означает «господин» и «малла», то есть «светлый». Таким образом, именование Агамалы в переводе на русский означает «светлый господин». Вероятно, нарекая ребенка таким именем, родители желали, чтобы их сын рос умным, добрым, справедливым и честным мальчиком. Согласно другой версии, в основе фамилии лежит армянское мужское имя Агамалы, что означает «поле в горах». Таким образом, потомок человека, которого звали Агамалы, со временем получил фамилию Агамалыоглы. Тюркский корень -огло/-оглу/-оглы (в переводе «потомок, сын») типичен для турецких, гагаузских и прочих тюркских фамилий.