Фамилия Агамалова — женская форма, а её мужской вариант Агамалов. В основе фамилии лежит арабское мужское имя Агамал. Его переводят как «поле в горах». Это редкий случай, когда имя напрямую описывает ландшафт, а не человеческие качества. Такие имена иногда давали по месту рождения ребёнка или по родовым угодьям.

Есть и вторая версия происхождения. Она менее вероятна, но тоже имеет право на существование. Согласно ей, фамилия восходит к составному имени Агамали. Его разбирают на два тюркских корня: «ага» (господин, старший) и «малла» (светлый). Если следовать этой логике, имя означало «светлый господин». Родители, называя так сына, желали ему ума, доброты и справедливости.

Разберём словообразовательную модель. Суффикс -ов указывает на русский тип фамилий, образованных от полной формы имени. Это значит, что предок носителя фамилии звался Агамал или Агамали. Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного, отвечающего на вопрос «чей?»: сын Агамала — Агамалов.

Точное время и место возникновения фамилии Агамаловых можно установить только через генеалогическое исследование. Но по модели образования фамилия могла появиться не раньше XVI–XVII веков, когда у русских и народов Кавказа и Закавказья начали массово закрепляться фамилии на -ов/-ев. Встречается фамилия преимущественно в южных регионах России, а также среди народов Дагестана и Азербайджана, где арабские и тюркские имена традиционно сильны.