Фамилия Агамалиев образована от арабского мужского имени Агамали, которое является  составным и восходит к двум тюркским словам: «ага», что в переводе на русский язык означает «господин» и «малла», то есть «светлый». Вероятно, нарекая ребенка таким именем, родители желали, чтобы их сын рос умным, добрым, справедливым и честным мальчиком. Согласно другой версии, в основе фамилии лежит армянское мужское имя Агамал, что означает «поле в горах».