Фамилия Агамалиев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Агамалиев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Агамалиев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Агамалиев образована от арабского мужского имени Агамали, которое является  составным и восходит к двум тюркским словам: «ага», что в переводе на русский язык означает «господин» и «малла», то есть «светлый». Вероятно, нарекая ребенка таким именем, родители желали, чтобы их сын рос умным, добрым, справедливым и честным мальчиком. Согласно другой версии, в основе фамилии лежит армянское мужское имя Агамал, что означает «поле в горах». Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Агамалиев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Агамалиев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.