Фамилия Агатанов — редкий случай, когда за основу взято имя, которое в русской традиции почти не использовалось. Её происхождение напрямую связано с греческим именем Агатан, образованным от слова «агатос» — добрый, хороший. В православных святцах это имя присутствует, но в быту его практически не давали, предпочитая более привычные варианты. Поэтому Агатановы — почти наверняка потомки священника или церковнослужителя. Именно в среде духовенства любили книжные, небытовые имена: при постриге или в семинарии человека могли наречь Агатаном, и его дети по отчеству получили фамилию. Это не крестьянская и не дворянская фамилия, а типичная «семинарская», каких много среди фамилий на -ов, образованных от редких календарных имён.

Суффикс -ов указывает на прямое отчество: «чей?» — Агатанов, то есть сын Агатана. Модель простая: в отличие от фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я (например, от женского имени Агата вышли бы Агатины), здесь закрепился именно мужской вариант имени. Если бы предка звали Агафон (тоже греческое «добрый»), фамилия звучала бы как Агафонов — и она гораздо распространённее. Агатанов — более книжный, византийский вариант, что лишний раз подтверждает его искусственное, «учёное» происхождение.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным губерниям России, где было много церковных династий. Встречается она нечасто, и это дополнительный аргумент в пользу её происхождения: народное сознание предпочло бы более привычные формы. В написании возможна путаница с фамилией Агафанов, но это разные корни. Агафан — краткая форма от Феофан (богоявление), а Агатан — самостоятельное имя. В метрических книгах XIX века оба варианта могли записывать на слух, поэтому у однофамильцев иногда расходятся документы. Если ваша фамилия пишется именно через «т» — это почти наверняка указывает на греческое происхождение имени и на духовное сословие предков.