Фамилия Агбун — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. В русском языке нет ни основы «агб-», ни суффиксальной модели, которая образовывала бы фамилию таким образом. Поэтому первое, что приходит на ум, — иноязычное происхождение, скорее всего, из языков Западной Африки. В таких языках, как йоруба или игбо, «agbun» или близкие формы могут означать «сила», «могущество» или быть частью личного имени, прославляющего божество. Фамилия могла попасть в русский контекст через миграцию, браки или учёбу — в советское и постсоветское время в СССР училось много студентов из африканских стран.

Если же рассматривать маловероятную версию славянского корня, то можно предположить искажение или описку. Например, при переписи фамилию могли записать на слух от «Агбунов» — гипотетической формы от прозвища «Агбун», которое могло быть связано с диалектным словом «агбунить» (гнуть, сгибать) или с тюркским «аг» (белый) и «бун» (мука, каша). Но такие построения остаются чисто умозрительными, без исторических подтверждений.

География фамилии Агбун в России крайне узкая. По данным открытых баз, единичные носители встречаются в крупных городах — Москве, Санкт-Петербурге, иногда в Краснодарском крае. Это типично для фамилий, появившихся в результате недавних миграций. В дореволюционных ревизских сказках и метрических книгах фамилия не фиксируется, что косвенно подтверждает её позднее вхождение в русский обиход.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: у неё нет привычного для русских фамилий суффикса (-ов, -ин, -ский). Она застыла в форме, близкой к исходному имени или прозвищу. Это делает её «немой» для этимолога, привыкшего к славянским моделям, но одновременно ценной как маркер глобальных связей. Коротко: Агбун — фамилия-пришелец, скорее всего африканского происхождения, и её носители в России — потомки тех, кто приехал сюда учиться или работать во второй половине XX века.