Фамилия Агдрухин — редкая и на первый взгляд загадочная, но её происхождение проясняется при взгляде на словообразовательную модель. Основа фамилии — «Агдрух», а суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Агдруха. Этот суффикс характерен для фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на согласный или -а/-я. Само же прозвище Агдрух, скорее всего, имеет тюркские корни.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское слово «ак» (белый, чистый, благородный) в сочетании с «друх» или «турух» — искажённое «турук» или «друк» (стойкий, крепкий, опора). В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, распространены сложные имена и прозвища с компонентом «ак»: Акбулат, Акчура, Акмурза. Агдрух могло быть прозвищем, данным человеку светловолосому или с белой кожей, либо же характеризовавшим его как «чистого» и «надёжного» человека.

Менее вероятна, но возможна версия о связи с арабским именем Абд ар-Рахман (раб Милостивого) — через диалектное стяжение и адаптацию в тюркской среде. Однако для фамилии Агдрухин такая трансформация нехарактерна, и первая версия выглядит правдоподобнее.

Географически фамилия Агдрухин встречается в Поволжье и на Урале, что подтверждает тюркское происхождение. Предки носителей этой фамилии, вероятно, были крестьянами или служилыми людьми из татарских или башкирских родов, принявших православие. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии часто фиксировались при переходе в христианство и русификации имён.

Сравнение с однокоренными фамилиями, например Агдрухов или Агдрухинский, не выявляет аналогов — это указывает на редкость и локальный характер. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова подобная фамилия не упоминается, что делает её интересным объектом для локальных генеалогических изысканий.