Фамилия Агонова — женская форма фамилии Агонов, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В русском языке суффикс -ов указывает на принадлежность: Агонов — сын Агона. Но что такое «Агон»? Здесь возможны два основных пути, и оба ведут в разные эпохи и культуры.

Первая и самая вероятная версия — фамилия образована от имени или прозвища Агон. В древнегреческом языке «агон» (ἀγών) означало «состязание», «борьба», «спор». В античной культуре это слово было широко распространено (олимпийские агоны, агонистика). В России такие «античные» имена могли давать в духовных учебных заведениях семинаристам — это была традиция русифицировать греческие слова в качестве личных имён. Семинарист мог получить фамилию Агонов как «говорящую», отсылающую к его успехам в словесных диспутах или к добродетели соревновательности. В этом случае фамилия — искусственная, книжная, а не уличная.

Вторая версия — тюркская. В ряде тюркских языков есть основа «аг» (белый, чистый) и суффикс -он, образующий прилагательные. Агон могло быть прозвищем человека со светлыми волосами или белой кожей. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -он в русских фамилиях тюркского происхождения встречается редко, а прямое звуковое совпадение с греческим агоном заставляет отдать предпочтение первой версии.

Географически фамилия Агонов (и Агонова) встречается в основном на юге России и в Закавказье, что косвенно поддерживает и семинарскую, и тюркскую версии — в этих регионах были сильны как греческое влияние через православие, так и контакты с тюркскими народами. Но точных данных о сословной принадлежности первых носителей нет: Агоновы могли быть и духовенством, и казачеством, и крестьянами.

В любом случае, фамилия редкая и звучная. Её основа — не бытовое ремесло и не уличное прозвище, а скорее слово из высокой культуры или чужого языка, что делает носителя фамилии наследником не просто предка, а целой античной или степной традиции.