Фамилия Агонен — редкий случай, когда географическая привязка говорит о происхождении больше, чем корень слова. Скорее всего, перед нами фамилия финского или карельского происхождения, что сразу объясняет её необычное для русского уха звучание и окончание на -нен.

Суффикс -нен — один из самых распространённых в финской фамильной системе. Он означает «из рода такого-то» или «принадлежащий к чему-то». Если перевести на русскую логику, это аналог суффикса -ов/-ев, только у финнов он не патронимический (по отцу), а топонимический или прозвищный. В фамилии Агонен основа — Аго. Это может быть сокращённая форма от финского имени Аго (Aho), которое переводится как «луг», «поляна», «вырубка». Соответственно, Агонен — «человек с луга» или «живущий у поляны». Такие прозвища давали по месту жительства: крестьянин, чья усадьба стояла на расчищенном от леса участке.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная, — связь с личным именем. В дохристианской Финляндии бытовало имя Аго, которое могло быть сокращением от более длинных имён, например от Агафон (греческое «добрый»), заимствованного через православие. В таком случае Агонен — «потомок Аго». Однако для финской традиции типичнее прозвищно-топографическая модель, чем чисто патронимическая.

Написание фамилии с одним «н» — Агонен, а не Агоннен — указывает на то, что она фиксировалась в русскоязычной среде. В финском оригинале ударение падает на первый слог: Áгонен. Русские носители часто смещают ударение на последний слог по аналогии с другими фамилиями на -ен, но исторически верно ударение на «А».

Фамилия встречается в основном на северо-западе России: в Карелии, Ленинградской области, а также среди ингерманландских финнов. Носители Агонен — потомки крестьян-землепашцев или лесорубов, которые получили прозвище по роду занятий или месту жизни. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для финских фамилий, которые в массе своей сложились в крестьянской среде и закрепились только в XIX веке.