Фамилия Атонен — один из тех редких для России случаев, когда финское происхождение видно сразу, без расшифровки. В русском ухе она звучит непривычно, но для финского языка это стандартная патронимическая модель: суффикс -nen указывает на принадлежность, примерно как русское -ов/-ев или -ин. Если разобрать фамилию по косточкам, основа — личное имя Aatto или Aati, которые в Финляндии служили краткими формами от библейского Адам (Aatami). Получается, что Атонен буквально означает «сын Аатто» или «из рода Аатто». В шведском языке, который долго был официальным в Финляндии, аналогом стала бы фамилия Адамссон, но финская версия пошла по другому пути — через суффикс, а не через слово «сын».

Фамилии на -nen массово закрепились в Финляндии лишь в конце XIX — начале XX века, во время национального подъёма. До этого у финских крестьян фамилий часто не было вовсе, а были прозвища или отчества. Поэтому Атонен — не древняя родовая фамилия, а относительно позднее официальное оформление, которое могли взять по месту жительства или по имени отца. В России носители фамилии встречаются в основном в Карелии и Ленинградской области — регионах, исторически связанных с финским населением (ингерманландцы, финны-суоми). После переселений и репрессий XX века часть этих фамилий «осела» и в других областях. В чисто русской среде Атонен — почти стопроцентный маркер того, что предки говорили по-фински.

Если смотреть на словообразовательную модель, суффикс -nen в финском образует не только отчества, но и прилагательные, и названия жителей. Поэтому у фамилии есть и вторая, менее вероятная версия: от слова atto — «чердак» или «сеновал». Тогда Атонен могло быть прозвищем человека, жившего на чердаке или работавшего с сеном. Однако ономастика склоняется к первой версии — от имени, так как большинство финских фамилий на -nen имеют именно антропонимическое происхождение.

Сословной привязки у фамилии нет: Атонен мог быть и крестьянином, и ремесленником, и позже — рабочим. В Финляндии фамилии на -nen носили все слои населения, а в России финские фамилии чаще всего оставались у крестьян и мещан.