Фамилия Атонова — женская форма фамилии Атонов, и её разбор стоит начать с главного вопроса: откуда взялась основа «Атон»? Первая мысль — древнеегипетский бог солнца Атон, но версия эта книжная и надуманная. В русской крестьянской или мещанской среде прямое заимствование имени языческого божества маловероятно. Ономасты, в частности Б. Унбегаун, указывают, что фамилии на -ов/-ев чаще всего образуются от канонических христианских имён или прозвищ, а не из мифологии.

Гораздо правдоподобнее, что «Атон» — народная, бытовая форма крестильного имени Антон. В русских говорах, особенно на юге и западе, часто «урезали» начало имени: Антон превращался в Тон, а с придыхательным «а» на конце — в Атон. Такое стяжение — обычное явление: сравните Авдей из Аудентий или Акулина из Акилина. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Атонов — сын Атона, то есть потомок человека, которого в быту звали Атон (Антон). Модель образования здесь та же, что у десятков тысяч русских фамилий, но с редкой фонетической особенностью.

Есть и более редкая версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Атон, связанного с диалектным глаголом «атонить» — медлить, мешкать. В этом случае предок мог получить прозвище за неспешность или медлительность. Однако эта гипотеза менее распространена — глагол узко региональный и не дал массовых фамилий, в отличие от имени Антон.

Фамилия Атонова встречается нечасто, преимущественно в центральных и южных областях России. Её редкость как раз и объясняется тем, что она — результат живого, неофициального преобразования имени, которое не закрепилось в массовом порядке. В отличие от массовых Антоновых, Атоновы — это «семейная» ветвь, сохранившая в фамилии местный говорок. Если вы носите эту фамилию, скорее всего, ваши предки — выходцы из южнорусских или западнорусских земель, где имя Антон на слуху редуцировали до неузнаваемости.