Фамилия Афтонова — один из тех случаев, когда написание может ввести в заблуждение. На слух она почти неотличима от гораздо более распространенной фамилии Автонова, но разница в первой букве — «ф» вместо «в» — указывает на иной, более редкий путь происхождения.

Скорее всего, в основе лежит не греческое «автос» (сам), а крестильное имя Евтихий. В просторечии это имя часто сокращали до форм Автоха, Автоня, Автоша, а звук «ф» мог появиться из-за южнорусского или украинского произношения, где «в» перед глухими согласными оглушается до «ф». Таким образом, Афтонова — это вариант фамилии Автонов, закрепившийся на письме. Исходное имя Евтихий в переводе с греческого означает «счастливый», «удачливый», так что предок носительницы фамилии мог получить прозвание, связанное с этим именем.

Вторая, менее вероятная версия — связь со словом «автономия» или «автономный». В русских говорах «автономом» могли называть самостоятельного, независимого человека. Однако эта гипотеза слабая, так как суффикс -ов- в фамилии типичен для образования от личных имен, а не от нарицательных прилагательных.

Фамилия Афтонова — редкая. Она почти не встречается в центральных областях России, но может быть локализована на юге, в бывших казачьих областях или в регионах, где было сильно влияние украинской фонетики. Носительницы этой фамилии могут с большей вероятностью найти своих предков в Курской, Белгородской или Ростовской областях, чем в Москве или Петербурге.

Морфологически фамилия проста: суффикс -ов- указывает на принадлежность (чей? — Афтонов), а окончание -а — на женский род. Это классическая «патронимическая» модель, означавшая «дочь или жена Афтона».