Фамилия Агынаева образована от названия древнего кыргызского рода «Агынай». Название рода восходит к древнетюркскому слову «агын», которое в переводе на русский язык означает «течение реки». Вероятно, основатель данного рода проживал на берегу какой-либо реки либо отличался буйным нравом. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Агынаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.