Фамилия Агынаева образована от названия древнего кыргызского рода «Агынай». В основе этого родового имени лежит древнетюркское слово «агын» — «течение реки». Скорее всего, прозвище Агынай получил человек, живший на берегу быстрой реки или обладавший неспокойным, «бурным» нравом — в тюркской традиции такие метафоры встречаются часто. Сама фамилия Агынаева — яркий пример того, как родовое имя перешло в фамилию через суффикс -ев, характерный для русской адаптации тюркских основ. Встречается она преимущественно среди потомков кыргызских родов, расселённых в приграничных районах Кыргызстана и Казахстана. Стоит помнить, что процесс закрепления фамилий у кочевых народов был долгим и не всегда документированным, поэтому точно определить место и время возникновения конкретной ветви Агынаевых можно только через детальную генеалогию.