Фамилия Акчаганова образована от мужского имени или прозвища Акчаган. В ней прослеживаются тюркские корни, что неудивительно для фамилий, бытующих в Поволжье, Приуралье и среди народов Кавказа. Основа «ак» в тюркских языках означает «белый», «чистый», а «чаган» или «чага» — «ребёнок», «дитя», иногда «отпрыск» или «родственник». Таким образом, Акчаган — это буквально «белое дитя», «светлый ребёнок». В переносном смысле имя могло даваться долгожданному, любимому или светлолицему младенцу.

Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: Акчаганов — значит «сын Акчагана» или «из рода Акчагана». Женская форма Акчаганова — это либо дочь, либо жена человека с такой фамилией. По модели образования это типичная русская патронимическая фамилия, но с нерусской, тюркской основой. Такие фамилии массово закрепились за татарскими, башкирскими, казачьими и кавказскими родами после ревизий и переписей XVIII–XIX веков, когда требовалось записать фамилию по отцу.

Встречается фамилия и в варианте Акчаганов (без конечной «а»), но форма на «-ова» — самая распространённая, так как передаётся по женской линии. Стоит обратить внимание на ударение: в большинстве говоров оно падает на третий слог — Акчага́нова, хотя в местах компактного проживания носителей возможны местные варианты.

С точки зрения сословной принадлежности, Акчагановы могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми, особенно в казачьих областях, где фамилии тюркского происхождения не редкость. Прямых указаний на дворянство нет, но это не исключает того, что отдельные ветви могли принадлежать к мелкопоместному или однодворческому сословию.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Акчаганов стоит в одном ряду с Чагиным, Акчуриным, Аксаковым. Все они построены по одной словообразовательной схеме, но основа «чаган» здесь редкая, что делает фамилию узнаваемой и не слишком распространённой. В современных базах данных она фиксируется в единичных случаях по России и странам СНГ.