Фамилия Ахинаэно — редкий случай, когда носитель русского языка с ходу не определит ни корень, ни суффикс. В ней нет привычных -ов, -ин или -ский. Первое, что бросается в глаза: окончание на -о при мужском роде. В русской ономастике это характерно для украинских фамилий (Коваленко, Нестеренко), но основа Ахинаэн- не похожа на украинскую. Второй вариант — искусственное происхождение: фамилия могла быть изменена в советское время, образована от аббревиатуры или псевдонима.

Если отбросить версию с искусственным словом, нужно разобрать основу. «Ахина» в русском языке не встречается, но фонетически близка к греческому имени Ахилл (Ахиллес). Суффикс -эно (или -ено) в русских фамилиях встречается редко, но есть параллели: например, фамилия Безно (от «без носа») или Житено. В украинском языке суффикс -енко означает «сын» или «потомок»; -эно могло возникнуть как диалектный или искажённый вариант (например, под влиянием молдавского или румынского, где -eanu — распространённый фамильный суффикс, означающий принадлежность к местности). В румынском языке есть фамилии типа Ахим (Achim), а Ахинаэно могло бы звучать как «родом из села Ахина» или «сын Ахима».

Возможна и более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть в среде греков-понтийцев, переселившихся в Россию. У понтийских греков встречаются фамилии на -оглу, -иди, но и оканчивающиеся на -о. Ахина — могло быть сокращением от Афина (город) или от имени Ахиллес. В таком случае Ахинаэно — это «афинянин» или «потомок Ахилла».

Точных данных о географии фамилии Ахинаэно в открытых источниках нет. Это говорит о её крайней малочисленности. Скорее всего, носители живут на юге России, в Краснодарском крае или Ставрополье, где исторически селились греки и молдаване. Если фамилия действительно искусственная (например, от аббревиатуры или выдумана в ЗАГСе при смене паспорта), то её значение утрачено и не поддаётся этимологии. В любом случае, перед нами фамилия-загадка, и её уникальность — главная отличительная черта.