Фамилия Ахмекенов — редкий пример, в котором причудливо переплелись тюркское имя и русская словообразовательная модель. Основа здесь — тюркское мужское имя Ахмекен. Это не что иное, как народная, диалектная форма арабского имени Ахмад (или Ахмет), означающего «достойный похвалы», «прославленный». В тюркской среде, особенно у казахов, татар и башкир, имя Ахмет часто сокращали или видоизменяли в бытовом общении, добавляя ласкательные или уменьшительные аффиксы. Ахмекен — это как раз такой вариант: корень «Ахме-» и суффикс «-кен», придающий оттенок уважительной или ласковой уменьшительности (ср. Еркен, Жанкен). Таким образом, имя Ахмекен можно перевести как «маленький Ахмет» или «любимый Ахмет».

Фамилия образована по русской модели с патронимическим суффиксом «-ов». В русской традиции фамилии на «-ов» означали принадлежность: «чей?» — «Ахмекенов», то есть сын, потомок Ахмекена. Это типичный случай для народов Поволжья, Урала и Северного Казахстана, где в XVIII–XIX веках при массовом учёте населения татарам, башкирам и казахам часто записывали фамилии, прибавляя к отцу или деду русский суффикс. Встречается и вариант написания Ахмекенов, и более редкий Ахмекенов — оба сводятся к одному корню.

Географически фамилия наиболее плотно бытует в северных и центральных областях Казахстана, а также среди татарского и башкирского населения Оренбургской, Челябинской и Самарской областей России. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении, возможно, от одного конкретного рода. Социально предки носителей фамилии, скорее всего, были скотоводами или земледельцами, а само имя Ахмекен могло быть не только личным именем, но и прозвищем, закрепившимся за главой семьи.

С точки зрения словообразования, фамилия Ахмекенов интересна тем, что сохранила редкий вариант имени, который в официальных документах почти не встречается. Если бы не фамилия, форма Ахмекен могла бы полностью исчезнуть из бытового оборота.