Фамилия Ахмеева — женская форма, образованная от фамилии Ахмеев, а та, в свою очередь, восходит к личному имени Ахмед. Это имя арабского происхождения, одна из форм имени Мухаммад, что значит «восхваляемый» или «достойный хвалы». Суффикс -ев в фамилии указывает на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?», то есть «потомок Ахмеда». В тюркских языках, особенно у татар и башкир, имя Ахмед часто адаптировалось как Ахмет, а в некоторых диалектах — как Ахме. Именно этот редкий вариант основы и закрепился в фамилии.

Главная особенность фамилии — её написание. Гораздо чаще встречаются варианты «Ахметов» (от Ахмет) или «Ахмадеев» (от Ахмади). «Ахмеева» же фиксирует именно форму «Ахмед», которая в русской записи могла утратить конечный «т» под влиянием устной речи. В русской традиции фамилии на -ев характерны для тюркских и арабских заимствований (Тимирязев, Ахмадуллин), но Ахмеев стоит особняком именно из-за нестандартной основы.

Искать корни фамилии стоит в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — там, где имя Ахмед было распространено. Встречается она и у кавказских народов, например у кумыков и чеченцев, где это имя также популярно. В дореволюционных метриках фамилия попадается редко, что говорит о её локальном бытовании: она возникала стихийно в отдельных татарских и башкирских деревнях, без единого центра. Предки носителей фамилии, скорее всего, были мусульманами, и имя Ахмед давали в честь пророка. По сословию — крестьяне или ремесленники, так как в дворянской среде подобные фамилии не закрепились.