Фамилия Акпенбетов — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение почти наверняка связано с тюркскими языками, и разбирать её стоит не с корня, а с необычного окончания. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ев (сын Ивана — Иванов), здесь мы видим суффикс -ов, но основа явно не славянская. Это типичная модель для фамилий, возникших у народов Поволжья, Урала, Казахстана или Средней Азии: к местному имени или прозвищу добавили русский патронимический суффикс в процессе интеграции в имперскую администрацию.

Основа «Акпенбет» распадается на три части: «ак» (белый, чистый, светлый), «пен» (вариант «бен» или «бей» — господин, князь, вождь) и «бет» (лицо, лик). Самая правдоподобная версия — это сложение «ак» + «пенбет» (или «бенбет»). В казахском, ногайском, каракалпакском языках «ак бен бет» можно перевести как «белолицый», «светлолицый» или «человек с чистой душой» (в переносном смысле). Менее вероятно, но возможно, что «Акпен» — это искажённое имя Ахмет или Акпан, а «бет» — самостоятельная часть.

Словообразовательная модель здесь гибридная: тюркское составное прозвище или личное имя + русский фамильный суффикс -ов. Это указывает на то, что предок носителя фамилии был не крестьянином из центральной России, а, скорее всего, казахом, татарином, башкиром или представителем другого тюркского народа, который получил фамилию по отцу в XIX — начале XX века, когда проводилась массовая русификация имён. Географически фамилия должна быть привязана к регионам с сильным тюркским населением: Западный Казахстан, Астраханская область, Оренбуржье, Башкортостан или Крым.

Споров вокруг этимологии почти нет — альтернативные версии (например, от арабского «акбен» с искажением) выглядят натянутыми. Унбегаун в своём словаре русских фамилий такие гибридные формы описывает как «фамилии тюркского происхождения с русским оформлением». Кратко: предок Акпенбетов — человек, которого в тюркской среде называли «светлоликим» или «чистым лицом», а его дети при записи в метрики получили стандартное русское окончание.