Фамилия Аксубаев — один из тех случаев, когда географическая привязка оказывается сильнее личного прозвища. Её основа — топоним Аксубай, а точнее, название посёлка Аксубаево в Татарстане. Житель этого места или выходец оттуда получал прозвище Аксубаев («из Аксубая»), которое затем закрепилось как фамилия. Такой тип образования (по названию села с суффиксом -ев) типичен для русских фамилий, сформировавшихся на полиэтничной территории Среднего Поволжья в XIX веке.

Само слово «Аксубай» — тюркское, скорее всего татарское. «Ак» означает «белый», «чистый», «су» — «вода», а «бай» — «богатый», «господин». Вместе это можно перевести как «богатый чистой водой» или «беловодный богач». Вероятно, так назвали речку или родник, вокруг которого возникло поселение. В ономастических работах, в частности у Б. Унбегауна, отмечается, что фамилии на -ев от тюркских топонимов — обычное явление для регионов, где русское население соседствовало с татарским.

Суффикс -ев, а не -ов, здесь появляется по фонетической причине: основа оканчивается на мягкий звук (бай → баев). Это стандартная русская адаптация. Фамилия недвусмысленно указывает на происхождение из конкретного места, а не на профессию или личное качество предка. Носителей Аксубаевых больше всего в Татарстане и соседних областях — Самарской, Оренбургской, что подтверждает региональную привязку.

Сословно предки скорее всего были государственными крестьянами или однодворцами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже типично для «географических» фамилий, возникших в среде сельских обывателей. Фамилия не древняя — её активное оформление приходится на вторую половину XIX века, когда массово закреплялись прозвища по месту жительства.