Фамилия Актубаев — один из примеров, где географическая привязка оказывается сильнее и прозрачнее, чем попытки разобрать её по тюркским корням. Первое, что приходит на ум при взгляде на неё — казахский топоним Актобе (встречается и форма Актубе), что означает «белый холм» или «белая возвышенность» (ак — белый, төбе — холм, вершина). В русской передаче через суффикс -аев фамилия закрепилась как Актубаев, указывая на выходца из местности с таким названием. Город Актобе в Казахстане — самый известный пример, но сёл и урочищ с похожим именем немало по всему степному поясу.

Словообразовательная модель здесь простая: топоним Актуба (усечённая или диалектная форма от Актобе) плюс тюркский притяжательный аффикс -ев/-аев, который в русской среде стал фамильным. Так образовывались фамилии переселенцев, казахов или татар, получивших прозвание по месту прежнего жительства. В отличие от фамилий на -ов, которые часто шли от имени отца, здесь основа — название местности, что делает Актубаева типичной «географической» фамилией, а не патронимической.

Встречается она преимущественно у народов, говорящих на тюркских языках: казахов, башкир, татар. В русских документах XIX — начала XX века так могли записать человека, который при переписи назвал себя «актубаевским», то есть из Актюбы. Стоит отметить, что фамилия не слишком частотна, что говорит о её локальном происхождении — вероятно, от одного конкретного селения или рода. В ономастических справочниках она не описана подробно, но по аналогии с фамилиями вроде Актюбинский или Актюбаев можно уверенно говорить о топонимическом корне.

Спорных версий немного: иногда пытаются вывести основу от личного имени Актюба (гипотетическое составное имя «белый верблюд»), но это менее вероятно — такие имена редки, а топонимов с корнем «тюбе/тобе» в тюркской топонимике огромное количество. Поэтому для носителя фамилии Актубаев самая прямая нить к прошлому — это предок, который перебрался с Белого холма и оставил это название в роду.