Фамилия Акукин — наглядный пример того, как русская модель образования фамилий вбирала в себя имена и прозвища нерусского происхождения. Она построена по классической схеме: основа плюс суффикс притяжательности -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — Акукин, то есть сын Акуки). Но если бы мы искали корень в русском языке, то столкнулись бы с пустотой: слова «акука» или «акук» в славянских наречиях нет.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение основы. В татарском, башкирском и других тюркских языках распространено личное имя Акук (варианты: Аккук, Агкук). Оно состоит из двух частей: «ак» (белый, чистый, светлый) и «кук» (небо, синий). В буквальном смысле имя можно перевести как «белое небо» или «чистая синева», что для тюркской антропонимии — типичный пожелательный образ, связанный с чистотой и благополучием. Имя Акук фиксируется в старых метрических книгах Поволжья и Приуралья, где русское и татарское население веками жило рядом. Фамилия Акукин, скорее всего, закрепилась за русскими крестьянами или служилыми людьми, которые вели род от татарина или башкира по имени Акук, принявшего православие. В таких случаях исходное имя переходило в фамилию без перевода.

Менее убедительна версия, связывающая фамилию с греческим именем Акакий (от греч. ἀκακία — «незлобивый», «невинный»). В народном произношении Акакий могло превратиться в Акук через аканье и упрощение, но это потребовало бы цепочки изменений, для которой нет прямых письменных подтверждений. Фонетически имя Акук стоит ближе к тюркским образцам, чем к искажённому греческому. Кроме того, в русских говорах встречается редкое слово «акука» — так в некоторых местах называли кукушку или болтливого человека, но это локальное и позднее значение, маловероятное для основы фамилии.

Фамилия Акукин — редкая. Она не входит в сотни самых распространённых русских фамилий и встречается в основном в регионах с историческим татарским влиянием: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Самарской областях. Встречается и среди украинцев, куда могла попасть вместе с переселенцами или через казачьи списки. По сословной принадлежности предки Акукиных, скорее всего, были государственными крестьянами или однодворцами — это типичная среда, где оседали крещёные инородцы, получая фамилию по имени отца.