Фамилия Алаьинская — редкий случай, когда написание сразу подсказывает путь к разгадке. Сочетание букв «аь» (а с мягким знаком) нетипично для исконно русских фамилий и почти всегда указывает на тюркское или кавказское происхождение основы. Скорее всего, в основе лежит имя или прозвище Алаь, которое могло быть вариантом тюркского имени Алай (пёстрый, пёстрое знамя) или диалектной формой имени Али. Мягкий знак на конце — характерная черта записи восточных имён в русских документах XVIII–XIX веков, когда писарь на слух фиксировал мягкое произношение конечного звука.

Суффикс -инск- указывает на модель образования фамилий от географических названий (по типу «князь Алаьинский»). Это значит, что предок носителя фамилии мог владеть или происходить из населённого пункта с названием Алаьино, Алаьинка или Алаьинск. Такие топонимы встречаются в зонах смешанного русско-тюркского населения — в Поволжье, на Урале или в Сибири, где оседали служилые татары, башкиры или казахи, принимавшие православие и получавшие земли. Фамилия закрепилась за дворянами или однодворцами, получившими поместье с «именным» селением.

Есть и более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть как «семинарская» — искусственная, данная выпускнику духовной семинарии по названию его родного села или по прозвищу. В таком случае Алаьинская — это не указание на благородное происхождение, а просто канцелярский штамп, закрепивший за учеником фамилию по месту рождения. Из-за редкости написания фамилия почти не встречается в современных справочниках, и её носители, скорее всего, сосредоточены в тех же регионах, где когда-то существовал топоним-основа.

Разбирая эту фамилию, важно не путать её с более частыми Алаевскими или Алабинскими — они образованы от других корней (Алай, Алаба). Алаьинская стоит особняком именно из-за мягкого знака в середине, который сохранился как реликт старой орфографии и местного произношения.