Фамилия Алакулова — редкий случай, когда в родовом имени зашифрован целый географический объект, и не на одном, а сразу на двух языковых уровнях. В основе лежит тюркское слово «алакул», которое в разных диалектах означает либо «пёстрое озеро» (от «ала» — пёстрый, и «куль» — озеро), либо «пёстрая рука». Первый вариант — топонимический: предок мог жить у одного из озёр Алакуль, которых немало в Казахстане, Киргизии и на Южном Урале. Второй вариант — прозвище человека с заметной меткой на руке, родимым пятном или татуировкой. Однако самый вероятный путь — именно от названия местности.

Суффикс «-ова» указывает на женскую линию, но как родовое имя форма закрепилась в женском варианте; мужской звучал бы как Алакулов. Модель типична для русских фамилий, образованных от тюркских основ: сначала прозвище или название места, затем притяжательный суффикс, который первоначально означал «сын Алакула» или «человек из Алакуля». Поскольку озеро Алакуль — распространённый гидроним, фамилия могла возникнуть независимо в разных регионах, где русские переселенцы или крещёные тюрки получали фамилию по месту жительства.

В отличие от многих фамилий на «-ов», где основа — личное имя, здесь мы имеем дело с географическим ориентиром. Это сближает Алакулова с фамилиями вроде Байкалов или Иртышов. В ономастических справочниках, например в работах Б. Унбегауна, такая модель описана как характерная для южнорусских и уральских фамилий, где тюркские топонимы легко становились родовыми прозвищами. Социальный контекст: носители фамилии могли быть как крестьянами, переселившимися к озеру, так и служилыми людьми, получившими земельный надел у Алакуля.

Встречаемость фамилии невысока, что говорит о её локальном происхождении. Основные очаги — Оренбургская, Челябинская области, Башкортостан, а также северные районы Казахстана. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксировалась в написании «Алакуловы» с ударением, вероятно, на втором слоге — Ала́кулов, что созвучно ударению в слове «алакуль». Позднее, под влиянием русского произношения, ударение могло сместиться на последний слог, как это часто бывает с фамилиями на «-ов».