Фамилия Аллакулов — тюркская по происхождению, и её разумнее всего разбирать, отталкиваясь от личного имени, лёгшего в основу. В данном случае это составное мужское имя Аллакул, широко распространённое у узбеков, туркмен, каракалпаков и некоторых других народов Центральной Азии. Первая часть — «Алла» (араб. الله, Аллах), вторая — «кул» (тюрк. «раб», «слуга»). В сумме имя означает «раб Аллаха» — типичная для исламского мира формула смирения и благочестия, аналогичная арабскому Абдулла или персидскому Бендагулла.

Русский суффикс -ов, присоединённый к основе Аллакул, превратил имя в фамилию по стандартной модели, принятой в Российской империи для оформления фамилий нерусских народов. То есть носитель фамилии — потомок человека по имени Аллакул. Встречаются варианты написания: Аллакулов, Аллаккулов (с удвоенной «к») и реже Аллакулов, что связано с особенностями передачи тюркской фонетики кириллицей.

С точки зрения социального контекста, фамилия не указывает на конкретное ремесло или сословие предка. Она говорит лишь о религиозной традиции в семье: имя Аллакул давали мальчикам, подчёркивая их принадлежность к исламу. Носители фамилии — в основном жители Узбекистана, Туркменистана, а также выходцы из этих регионов в России и других странах бывшего СССР.

В русском ономастиконе фамилия Аллакулов стоит в ряду таких же тюркско-арабских образований, как Абдуллаев, Назаркулов, Турсункулов. Споров о происхождении здесь почти нет: модель прозрачна, а корни хорошо прослеживаются по источникам — от переписей Туркестанского края до современных баз данных.